A kifejezetten biobankok számára kifejlesztett biobank információkezelő rendszerekről (angol rövidítéssel: BIMS-ekről) még nagyon kevesen hallottunk, de az élettudományokat művelő szakemberek körében a laboratóriumi információkezelő rendszerek, vagy röviden LIMS-ek már többé-kevésbé ismert fogalomnak számítanak.
Lépést tartani a laboratóriumi adatokkal
Napjaink minőségi kutatómunkájához már hozzá kell, hogy tartozzon, hogy a biológiai minták életútjához kapcsolódó adatokat – nemcsak a mérési, hanem a mintakezeléshez, feldolgozáshoz kapcsolódóakat is – strukturáltan, átlátható és nyomonkövethető/visszakereshető formában rögzítsük egy olyan relációs adatbázisban, ami az adatminőséget is garantálja. Erre az Excel, vagy akár a mostanában népszerűvé vált Microsoft Access felületek nem alkalmasak, így ma már a nagyobb, laboratóriumi berendezéseket, technológiákat forgalmazó cégek ilyen adatbázis-kezelő szoftvereket is kínálnak, gyakran egy-egy berendezés saját fejlesztésű szoftverét. De természetesen léteznek már piaci, a laboratóriumi munka széles funkcionális és felhasználói körére vonatkozó LIMS rendszerek is. Ezek általában integrálhatóak a különböző analitikai eszközök saját rendszereivel, analízis és statisztikai platformjaik kiszolgálják a kutatókat, készlet-és reagens figyelő funkcióik hatalmas segítséget jelentenek a labor managereknek. Ám a biobankoknak ezekkel szemben teljesen más, sajátos igényei, funkciói és felhasználói lehetnek és egy olyan rendszert kívánnak, amely megfelel a működési modelljüknek és a napi munkafolyamataiknak.
A LIMS rendszerek kihívásai a biobankolásban
Bár számos közös jellemzőjük van, az egyes biobank-projektek és sokszor maguk a biobankok is nagyon különbözőek a részleteket tekintve. Rendkívül nehéz rájuk illeszteni egy sémát, még akkor is, hogyha különböző funkciókat különböző modulok látnak el bennük. Természetesen minden biobankban közös, hogy szert tesznek egy biológiai minta-és kapcsolódó adatgyűjteményre, ezeket feldolgozzák, tárolják és kutatási céllal továbbadják, de az ördög a részletekben rejlik. Aktív, vagy passzív módon tesznek-e szert a mintákra és adatokra? Milyen törvények, beleegyeztetés szerint? Hány országból, lokációról, milyen pozíciót betöltő felhasználók által kerülnek be hozzájuk? Hányféleképpen dolgozzák fel és tárolják a mintákat és főként, milyen típusú, eredetű, biztonsági szintű mintákat őriznek? Milyen formában érkeznek be az adatok? Milyen standardok szerint működnek, milyen audit-tervet követnek? Arról nem is beszélve, hogy a begyűjtés pillanatában a majdani tárolás hossza és a jövőbeli felhasználói célok, partnerek még nem ismertek, ezért a tárolás körülményeinek és a jogi/etikai státuszuknak hosszútávon is megfelelőnek kell lenniük, a kapcsolódó adatoknak pedig átláthatónak, szűrhetőnek, anonymizálhatónak még évtizedek elteltével is. A biobankoknak így rendkívül fontos, hogy olyan adatbázis-kezelő szoftveralkalmazásra támaszkodhassanak, amely nagyfokú robosztussággal, flexibilitással, és interoperabilitással képes biztonságos, személyre-szabott megoldásokat nyújtani az egyes projektek kulcsfontosságú követelményeihez.
Mit ígérnek a biobankokra szabott információs menedzsment rendszerek?
Egy jól megválasztott, valóban az adott infrastruktúrára és folyamatokra szabott BIMS képes megreformálni egy biobank életét, mivel nagymértékben javítja az operatív hatékonyságot, standardizálja a működési rendet, valamint optimalizálja a mintákhoz kötődő információkezelést. Nem túlzás azt állítani, hogy egy ilyen rendszer kiválasztása, amely együtt él majd a biobank napi működtetésével és vigyázza azt, stratégiai jelentőségű döntés, amely képes a nemzetközi élvonalba és a figyelem központjába emelni a gyűjteményt.
Ráadásul az elmúlt évtizedben a biobankok által régóta használt LIMS szoftverek is jelentős változásokon mentek keresztül és megjelenik a palettán egyre több BIMS rendszer is. Egyre nagyobb igény mutatkozott például a felhőalapú opciók és az egyes földrajzi helyeken található adatközpontok iránt, a könnyebb telepíthetőség érdekében, amikor a szoftver egyetlen példányát több gyűjtőközpont használja. Valamint, a tárolásra, fagyasztók kezelésére vonatkozó fókusz egyre inkább eltolódott a pre-analitikai terek és az ottani munkafolyamatokból nyert információk menedzselésére. 2018 után pedig újabb fordulópont követezett be az életükben, hiszen egyrészt kötelezően alkalmazandóvá vált a GDPR Európában, másrészt publikálták a biobank-specifikus nemzetközi ISO-t, amelyben külön fejezet szól a biobanki adattárolás-adatkezelés-adattovábbításról, valamint az adatminőségről. Mindent mérlegre téve, a BIMS-ek moduljainak, funkcióinak és minőségi mutatóiknak abba az irányba kellett fejlődniük, hogy egyre többféle és egyre komplexebb adatot tudjanak egyszerűen, felhasználó-barát módon és biztonságosan kezelni, tárolni és megjeleníteni, úgy, hogy az a világ minden táján lévő kutató, partner, vagy akár laikus érdeklődő számára is attraktív és informatív legyen.
Kapcsolódó: Digital Health, avagy a digitális egészségügy térnyerése
Egy ígéretes, magyar fejlesztésű BIMS alkalmazás
Az IBT Premier Consulting Kft. fejlesztői csapata Dr. Tuboly Eszter, a Magyar Gyermekonkológiai Hálózat biobank vezetõjének szakmai vezetésével létrehozott egy olyan angol nyelvű, felhőalapú BIMS alkalmazást, amely bármely típusú, küldetésű és működési rendet követő biológiai minta-és adatgyűjtemény számára személyre-szabható megoldásokat kínál.
Alapstruktúrája szerint különálló felhasználó hely (Institute), felhasználó személy (User) minta (Specimen), aliquot (Aliquot), szállítási (Transfer) és tárolási (Storage) modulokból áll, amelyeket a tervezői oldalon komplex, ám a felhasználó számára rendkívül egyszerűen követhető logikai kapcsolatok kötnek össze. Segítségével a minták teljes életciklusa nyomon-követhető eseménynaplózással, a biobankok világára specifikus státuszbeállításokkal, valamint számos audit lépcső található benne, amelyek jól használhatóak az ellenőrző folyamatok során, akár ISO 20387 szerint. Automatikusan integrálható bármilyen típusú, a mintákhoz kapcsolódó primer adatokat rögzítő külsős adatforrásokkal (így például klinikai regiszterekkel, vagy bármilyen saját adatbázis formátummal), vagy adatimport-fájlok segítségével a minta előéletéhez tartozó adatok értelemszerűen beolvashatók.
Tervezési, fejlsztési szempontjaink
Az alkalmazás tervezése és fejlesztése során a csapat szem előtt tartotta a FAIR (findable, accessible, interoperable, reusable) adatkezelési alapelveket. Egyedi minta- és aliquot-azonosító alapú összetett kereső segítségével egyszerűen megtalálhatóak az adatok bármely kívánt kombinációja, amelyeket nemzetközi standardok és adatmodellek szerint, megfelelően anonimizált szettként és etikusan válik elérhetővé a kérelmező partnerek számára. Jelenleg hat különböző, a biobankok életében jelentős felhasználói szerepkörrel dolgozik a rendszer, amelyek intézményi és adminisztrátori autentikációt követően az olvasási-és szerkesztési jogosultságok mellett az adat vizualizációkat tekintve is eltérnek egymástól. Ez garantálja, hogy sok felhasználó, akár egy időben a világ minden tájáról használni tudja az alkalmazást, ám az esetlegesen eltérő adatkezelési jogi környezetet figyelembe véve védeni tudja a szenzitív adatokat.
A grafikus interfész gondos tervezéssel alakult ki, a legmodernebb design elemek beépítésével stílusosságot kölcsönöz nemcsak a szoftvernek, hanem a felhasználónak is. Több, mint 30-féle különböző beépített grafikai adatábrázolása felöleli a biobankolás minden fontos aspektusát. Az ízléses grafikonok egyszerűen illeszthetőek tudományos előadásokba, közleményekbe, riportokba, vagy akár a publikum számára készülő sajtóanyagokba, plakátokra, weboldalakra is.
Ha kérdésed van a Gyermekonkológiai Hálózat gondozásában elkészült alkalmazással, vagy a biobankolással kapcsolatban, keresd szakértőinket.
